三方都吸收了更庞大的新鲜力量,一场前所未有的人种之战剑拔弩张。与此同时,金刚狼和独眼龙还没能从痛失我爱中自拔,珍葛蕾却如凤凰涅磐般奇迹地回到战友中间。众人欣喜之外,却发觉她的性格变得狂乱分裂,甚至有倒戈相向的倾向,让X教授等对水坝一役后她死里逃生的经历不禁生疑。而在黑凤凰缺席的时间里,风暴女和金刚狼通力合作,日渐生情。沿着上集的线索,逐渐觉醒的金刚狼也破译了自己的基因密码。四人再聚首,感情的纠葛与身世的秘密和变种人的未来一样愈发扑朔迷离。人类已经按捺不住对自身势力受胁迫的恐惧,向变种人正式宣战。X教授虽坚持和平发展论,但在生死存亡之际,不得不与万磁王再次联手,为变种人的生存权利作最后一搏。而变种人内部关系也因为对仇恨的不同解读而势成水火,一位重要角色将因此牺牲。X战警必须自保并防止万磁王的野心在变种人中蔓延。