晴朗时节,江户川柯南和毛利小五郎、小兰以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都,他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰,体验一把出海作战的感觉,期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代,战舰上突然发现一条断掉的手臂,消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾,伺机盗取战舰上的绝密情报。
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